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Eine Betriebsaufspaltung liegt z.B. vor, wenn der Mehrheitsgesellschafter einer GmbH das Betriebsgrundstück an die Gesellschaft verpachtet. Die Verpachtung des Grundstücks führt zu gewerblichen Einkünften des Gesellschafters und sowohl das Grundstück als auch der GmbH-Anteil befinden sich im einkommensteuerlichen Betriebsvermögen.
Steckt die Betriebs-GmbH in wirtschaftlichen Schwierigkeiten, verzichten die Gesellschafter häufig auf ihre Pachtansprüche, um die GmbH in der Krise zu stärken. Die Finanzverwaltung geht in diesen Fällen davon aus, dass der Pachtverzicht erfolgt, um von der GmbH nach überstandener Krise wieder Gewinnausschüttungen zu erhalten. Da diese Gewinnausschüttungen im Betriebsvermögen jedoch nur zu 60 v.H. einkommensteuerpflichtig sind, seien sämtliche Aufwendungen im Zusammenhang mit dem verpachteten Grundstück nur zu 60 v.H. abzugsfähig, z.B. Schuldzinsen für ein Darlehen zur Finanzierung des Grundstücks.
Nach Auffassung des Bundesfinanzhofs gilt diese Abzugsbeschränkung nicht für substanzbezogene Aufwendungen, wie die Abschreibung eines verpachteten Betriebsgebäudes oder Renovierungskosten. Diese Aufwendungen seien auch bei verbilligter oder unentgeltlicher Überlassung des Grundstücks an die Betriebs-GmbH zu 100 v.H. als Betriebsausgabe abzugsfähig. Für die restlichen Aufwendungen des Besitzunternehmens, wie Schuldzinsen, Gebäudeversicherungen oder Grundsteuer, gelte die Abzugsbeschränkung nur dann, wenn der Pachtverzicht durch das Gesellschaftsverhältnis veranlasst sei, d.h. wenn ein fremder Dritter nicht auf die Pacht verzichtet hätte. Werden die Pachtzahlungen nur befristet bis zur Überwindung der Krise der GmbH ausgesetzt oder verringert und verzichten auch andere Gläubiger der Gesellschaft auf einen Teil ihrer Forderungen, seien auch diese Aufwendungen voll abzugsfähig.